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支原體污染細胞后，有必要清除支原體，常用方法有：
1、對于非重要的細胞，如培養中的細胞、WCB的細胞等，將培養物與用過的培養基滅活后丟棄即可。對于較為重要的細胞，如來源珍貴或實驗室中細胞保藏量較小等可以采用以下（2）-（8）的方法。
2、用MRA處理：用支原體清除劑（Mycoplasma Removal Agent）處理細胞，作用濃度為 25μg/ml，兩周可以清除支原體。
3、用清洗純化法清除支原體污染的方法：細胞營養馴化→優質細胞群的篩選→細胞清洗→反復離心洗滌，其原理是利用離心力、細胞、微生物質量和懸液的浮力差達到清除支原體的目的。由于支原體個體小且除發酵支原體外多為細胞外寄生,所以通過反復洗滌細胞和低速離心換液使其中潛在的支原體數量降低至ji 限. 如結合敏感抗生素的抑殺作用，可達到更好的效果。
4、藥物輔助加溫處理：先用藥物處理后，再將污染的組織培養物放在41℃培養18小時，可殺死支原體，但對細胞有不良影響。
5、使用支原體特異性血清：用5%的兔支原體免疫血清可去除支原體污染，因特異抗體可抑制支原體生長，故經抗血清處理后11天即轉為陰性，并且5個月后仍為陰性。
6、動物體內接種除菌法：把受支原體污染的腫瘤細胞接種在同種動物皮下或腹腔中，借動物免疫系統消滅支原體，而腫瘤細胞卻能在體內繼續生長，待一定時間后，從體內取出細胞再進行培養繁殖。
7、巨噬細胞吞噬法：從動物腹腔采取巨噬細胞，為排除其它細胞成分，可先進行純化，然后再加入被支原體污染的細胞培養液中混合培養。在培養過程中，為檢查支原體是否已被消除干凈，可利用支持物培養法驗證，取出支持物逐日染色、鏡檢觀察，至支原體已被消除干凈為止。
8、使用支原體清除培養基，每2~3天更換1次新鮮培養液，換液時用無菌的平衡鹽溶液洗滌細胞1~2次；期間如果細胞密度過大，請保持細胞密度適當（貼壁細胞可能需要用胰酶消化），并更換新的培養器皿，3天之后，即可見明顯清除效果；處理15天后，可以用支原體檢測試劑盒進行檢測，檢測支原體是否殺滅*；如果仍有支原體殘留，可以考慮再處理6天；為避免細胞再次受到“支原體"的污染，以后每隔1個月進行支原體的常規檢測，以保證沒有新的支原體污染。
注：支原體污染時細胞表現為長得不好，也不死亡，同時，培養基又是清亮的，時間長達一周也沒有什么變化，這時基本上可以判斷出是支原體污染了。
